E’ di origine tettonica; è di modeste dimensioni, 402,5 ettari, ma di grande importanza geologica, faunistica e culturale e per questo, nel 1995, vi è stata istituita la prima Riserva Naturale Speciale della Regione Siciliana, mentre l'Unione Europea ha promosso il lago a Sito d'Importanza Comunitaria (SIC). Divisa nei settori A e B, consta del Lago di Pergusa, di canneto, giuncheto per la nidificazione, pineta attrezzata.
Le acque del lago sono poco profonde e molto salmastre a causa dell’assenza di emissari, per cui il loro livello dipende unicamente dal livello delle precipitazioni. Tali caratteristiche hanno determinato negli ultimi decenni un progressivo abbassamento del livello delle acque, a cui solo di recente è stato posto un freno in virtù degli interventi di salvaguardia operati dall’Ente gestore della riserva. Purtuttavia ciò non ha influito sull’arrossamento delle acque, fenomeno molto caratteristico, che periodicamente interessa il bacino e risulta correlato alle caratteristiche delle acque e all’attività innescata da particolari batteri che vivono nelle stesse. Il Lago di Pergusa, per la particolare collocazione geografica, è l’habitat ideale di sosta per gli uccelli migratori che coprono le rotte dal continente europeo verso l’Africa e viceversa. E’ possibile osservare, in determinati periodi dell’anno, uccelli anche rari di elevato valore naturalistico, quali il fischione, l’alzavola, il moriglione, la folaga e il falco della palude.
Oggi, il lago è particolarmente vivo, con un'estensione di 1,8 kmq (contro i 1,2 di prima del 2000) e una profondità massima di 12 m.