Gli stucchi a disegno geometrico, a festoni e arabeschi, sono di tonalità azzurro, oro e bianco e danno all'insieme un importante effetto plastico spaziale. Nella chiesa c'è un corridoio che corre sotto la navata centrale ed il transetto (navata trasversale, cioè la più corta della chiesa a croce latina) e collega i vari ambienti della cripta sottostante che spesso ebbe funzioni sepolcrali e di custodia di reliquie. Qui i cadaveri venivano sepolti secondo il metodo della essiccazione. Oggi è definitivamente chiuso. La chiesa, dichiarata monumento nazionale, fu gravemente danneggiata dai bombardamenti del '43 che causarono anche danni alle grandi tele della Madonna del Purgatorio. Fu anche cambiata la fonte Battesimale con il bassorilievo della sirena, ritrovato nella cripta della chiesa di S. Agostino, la quale ha un'impressionante somiglianza con le sculture ritrovate negli scavi di Efeso. Essa possiede pregevoli tele che rappresentano: Il cacciatore caduto e miracolato da S. Francesco di Paola, (prima a destra), S. Michele Arcangelo, (primo a sinistra), e due pale in stucco: una rappresenta S. Giovanni che predica alla folla e l'altra il Battesimo di Cristo. Degna di attenzione è la Sirena della fonte Battesimale. Il motivo della sirena ricorre spesso nell'arte romanica ed è un simbolo religioso per quando possa sembrare strano. La religiosità medievale era, infatti, un miscuglio di elementi pagani, di credenze popolari, di tradizioni cristiane. Per gli uomini del M.E le forze soprannaturali avevano la forma di mostri, di animali favolosi, di mammiferi ma sempre forniti di un qualche elemento marino: pinne o code di pesce. Tutte queste creature rappresentano il male e le tentazioni che forse tormentavano le coscienze e i sogni dei nostri avi.