La costruzione dell’edificio odierno avvenne contestualmente alla fondazione dell’abitato attuale, nella metà del XVIII secolo, per volontà della famiglia Moncada -Ventimiglia, alla quale il feudo di Nissoria apparteneva dal 1687.

Nell’Aprile del 1855, la diffusione del culto verso San Giuseppe, diffusosi nel piccolo centro già nella prima metà dell’800, viene legittimato ufficialmente grazie al Decreto Vescovile di erezione del Patriarca San Giuseppe a Patrono della Chiesa, al posto dell’antico patrono San Gregorio.

Nel 1843 furono eseguiti  alcuni lavori urgenti di riparazione che ingrandirono tra l’altro il fabbricato con l’aggiunta delle due navate laterali. Da alcuni documenti d’archivio sappiamo che tali lavori, tra l’altro non ultimati, furono eseguiti in economia e senza l’ausilio di maestranze qualificate; infatti la situazione edilizia rimase molto precaria
Il prospetto ed il campanile vennero successivamente realizzati con il concorso finanziario del Governo, del Comune  e dei fedeli ed ultimata (probabilmente) nel 1878.

Nel 1891 vennero finalmente costruiti la scalinata ed il piazzale antistante la chiesa.
Eccetto gli interventi di ordinaria manutenzione, non si ha alcuna notizia di lavori significativi sino al 1910, anno in cui venne ultimata la pavimentazione della navata centrale.
Nel 1939 vennero realizzati dei lavori nella sagrestia che le diedero l’aspetto attuale, e precisamente la volta del corridoio, la cameretta e le 6 grandi vetrate.

Nel 1943 i bombardamenti che interessarono il territorio nei mesi di Settembre ed Ottobre, causarono notevoli danni all’edificio che richiesero varie riparazioni, eseguite nel 1948.
La Chiesa ha subito diversi interventi nel corso degli ultimi anni.Negli anni ’60, in seguito alle nuove norme stabilite dal l Concilio Vaticano II, l’abside della navata centrale fu interessata da alcune modifiche, seguite, negli anni ’70, da lavori di pavimentazione delle  navate .
Gli interventi edilizi nella Chiesa, grazie al concorso finanziario di privati, della Provincia e della Regione, possono dirsi conclusi nell’anno 1999, anno che vede finalmente la consacrazione dell’edificio, dopo più di 250 anni dalla sua fondazione.